Судя по описанию, речь идёт о вирусе типа Wors.Win32. У него масса разновидностей, но не суть важно. Главное: лечить нужно не флешку или компьютер, а
СРАЗУ ВСЕ носители. Иначе будет -
"Надоело уже. Только вставляю флешку и обана - все содержимое стало ярлыками" 
.
Лечится (удаляется) любым антивирусом, хоть Дохтуром, хоть Касперычем. Самый дешёвый вариант (если влом покупать лицензию) указал
dissector. Восстанавливать видимость приходится в ручную (лучше всего Коммандером). Однако, если червяк остался хоть на одном диске (флешке, карте памяти и т.п.), через какое-то время всё опять повторится

.
Дело в том, что данная зараза распространяется через автозагрузку. Вирус копирует на чистый носитель вредоносный скрипт и файл AUTORUN.INF, который каждый раз запускает этот скрипт. Вставляете флешку, проводник сканирует диск, находит файл автозагрузки и тупо его выполняет. Привет, невидимые файлы!

Что бы этого не происходило постоянно:
- после лечения антивирусной программой, создайте на своём носителе папку с именем AUTORUN.INF Присвойте ей свойства: только чтение, системный, скрытый. Вирус не сможет заместить вашу папку AUTORUN.INF, своим одноимённым файлом (система не позволяет держать в корневом каталоге одноимённые файлы/папки). Поганый скрипт скопируется, а вот автозапуск скрипта - нет. Таким образом, если у вас на флешке где и заваляется случайно этот вирус, то хотя бы запускаться не будет (и расползаться далее). Совет старый, тупой, но он реально работает.
P.S. часто знакомые обращаются с этой напастью. Иногда находишь червяков на картах памяти от фотоаппаратов, телефонов и пр. неожиданных местах. Поэтому, глушите автозагрузчики и проверяйте ВСЕ носители в доме (на работе).